Athene is voor Aegean Airlines de belangrijkste hub in het routenetwerk. Op de luchthaven Eleftherios Venizelos van de Griekse hoofdstad kunnen reizigers overstappen op aansluitende vluchten naar tal van binnenlandse en internationale bestemmingen. 

In tegenstelling tot de meeste andere luchtvaartmaatschappijen op Eindhoven Airport is Aegean geen low cost carrier maar een full service carrier. Dat betekent dat een hapje en een drankje zijn inbegrepen in de basis-ticketprijs. Een handbagage-item van maximaal acht kilo mag ook zonder toeslag mee aan boord. Wie ruimbagage wil meenemen kan kiezen voor het iets duurdere Flex-tarief. 

Aegean, lid van Star Alliance, gaat op de route Eindhoven-Athene de concurrentie aan met Transavia. De Nederlandse budgetmaatschappij vliegt gedurende de drukke zomermaanden zes keer per week op dezelfde route.